Setelah diproklamirkannya kemerdekaan Indonesia, Suku Simalungun melihat kepulauan Nusantara ini merupakan suatu bagian yang utuh dalam satu Negara Kesatuan Republik Indonesia. Oleh karena merasa turut memiliki seperti saudara saudaranya di pulau lain, maka penduduk atau orang-orang Simalungun ingin tahu apa dan bagaimana sebenarnya kalau tinggal di luar wilayah Simalungun. Itulah salah satu sebab yang mendorong mereka meninggalkan daerah Simalungun di Sumatera Utara. Mereka pergi kedaerah-daerah lain di nusantara ini terutama pulau Jawa. Dimanapun mereka berada di situ mereka membentuk persekutuan orang-orang Simalungun yang kemudian menjadi cikal bakal tumbuhnya Jemaat-Jemaat GKPS di Jakarta-Jawa, Jambi, Bandar Lampung dan Kalimantan. Hingga tahun 1950-an warga Simalungun di Jakarta yang jumlahnya masih sedikit, pada umumnya mendaftarkan diri sebagai anggota jemaat di Huria Kristen Batak Protestan (HKBP) Kernolong

Kehadiran orang-orang Simalungun di Pulau Jawa tentu saja tidak berkelompok, melainkan sendiri-sendiri. Namun beberapa tahun kemudian populasinya semakin banyak. Kira-kira pada pertengahan tahun 1952 orang-orang Simalungun memulai kebaktian sendiri. Mula-mula sekali sebulan, kemudian dua kali dan selanjutnya menjadi setiap minggu dan akhirnya terbentuklah satu jemaat Huria Kristen Batak Protestan Simalungun (HKBPS) yang pertama di Pulau Jawa. Jemaat HKBPS ini diresmikan pada tanggal 17 Juli 1960